自治區生態環境保護督察工作領導小組辦公室設在自治區生態環境廳，負責自治區生態環境保護督察工作領導小組的日常工作，具體組織實施自治區生態環境保護督察。主要職責有：

一、向自治區生態環境保護督察工作領導小組報告工作情況，組織落實領導小組確定的工作任務；

二、負責擬訂自治區生態環境保護督察規章制度、計劃方案，并組織實施；

三、承擔自治區生態環境保護督察組的組織協調工作；

四、指導督察對象做好自治區生態環境保護督察反饋意見的整改工作；

五、承擔督察報告審核、匯總、上報，以及督察反饋、移交移送的組織協調和督察整改的調度督促等工作；

六、承擔領導小組交辦的其他事項。